Formé au club, Nicolas Godemèche a débuté avec l'équipe première du MHSC lors de la saison 2003- 2004. A l'issue ce exercice, le club est relégué en D2, mais ce jeune milieu défensif signe un contrat professionnel dans la foulée. Auteur d'une saison pleine l'année suivante, il devient un grand espoir du club. Mais une blessure contractée lors de l'exercice 2005-2006 freine son ascension et Nicolas tarde à retrouver une place de titulaire. Après un prêt de six mois à Reims, et soumis à une rude concurrence à son poste, il choisit de résilier son contrat durant l'été 2007 pour retrouver du temps de jeu dans le club portugais de Naval. Il est depuis janvier 2012 sous contrat avec le club roumain du CFR Cluj avec qui il remporte le championnat de Roumanie en 2012