Arrivé au MHSC alors qu’il n’avait que 14 ans, Jonas Martin fait partie de la "génération 1990" victorieuse de la Coupe Gambardella en 2008 où figuraient notamment Younes Belhanda, Rémy Cabella et Benjamin Stambouli. Titulaire lors de cette fameuse finale remportée face à Nantes (2-0), Jonas a ensuite débuté chez les pros lors de la saison 2010-2011 (5 matchs), inscrivant au passage son 1^er but en Ligue 1 contre Saint-Etienne à La Mosson.

Prêté à Amiens lors de la saison 2011-2012, cet homme discret et attachant est revenu au MHSC la saison suivante pour s’imposer peu à peu au sein de l’effectif héraultais. Devenu un titulaire indiscutable lors de la saison 2013-2014, il n’a quasiment plus quitté le onze de départ du MHSC ensuite, jusqu'à son transfert vers le club espagnol du Bétis Séville en juin 2016. Jonas Martin a disputé 115 matchs toutes compétitions confondues sous le maillot du MHSC et inscrit 7 buts.